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一、审计过程专项审计报告
高新技术企业认定专项审计需要注册会计师对申报企业的研究开发费用结构明细表和高新技术产品(服务)收入明细表发表审计意见，而申报企业的研究开发费用和高新技术产品(服务)收入的发生频率往往较高，单纯实施实质'陛测试难以为专项审计意见提供充分适当的审计证据，因而，注册会计师对申报企业内部控制的了解和测试就成为降低审计风险的重要方法.
年度审计报告
近三年每个年度的财务审计报告
高新技术审计需提交的资料：
1、企业法人营业执照(副本复印件)。
2、税务登记证(复印件)。
3、开业验资报告、评估报告(复印件)。
4、上年度审计报告(复印件)。
5、章程、合同(复印件)。
6、年度会计决算报表或中期报表(企业资产负债表、损益表、现金流量表及各种附表、财务情况说明书)。
7、会计帐簿及会计凭证。
8、会计科目余额表(1级至末级的期初、期末和累计发生额)。
9、存货及固定资产盘点表。
10、现金盘点表、银行对帐单及调节表(人民币、外币)。
11、长期投资(被投资单位营业执照、章程、会计报表)
12、借款、贷款、投资合同、协议书(复印件)。
13、纳税申报表及缴款书。
14、项目立项书。
15、专利及著作权等证书。
16、2007年高新产品(服务)合同。
17、《高新技术企业认定申请书》、《企业注册登记表》。
18、企业科技人员和研究开发人员的劳动合同。
19、技术创新活动证明材料，包括知识产权证书、独占许可协议、生产批文，新产品或新技术证明(查新)材料、产品质量检验报告，省级(含计划单列市)以上科技计划立项证明，以及其他相关证明材料。
20、业务约定书及管理当局说明书(盖章)。
另外：三年研发费用表，收入表，和自测表
二、审计范围
根据《高新技术企业认定管理工作指引》对高新技术企业认定申报材料的规定可以看出，高新技术企业认定的审计包括
1、经具有资质的中介机构出具的企业近三个会计年度研究开发费用和近一个会计年度高新技术产品（服务）收入专项审计或鉴证报告，并附研究开发活动说明材料；）
2、经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度的财务会计报告（包括会计报表、会计报表附注和财务情况说明书，实际年限不足三年的按实际经营年限）；
3、近三个会计年度企业所得税年度纳税申报表。
参考资料：
1.科技部 财政部 国家税务总局关于修订印发《高新技术企业认定管理办法》的通知
2.深圳市财政委员会关于2015年国家高新技术企业专项审计中介机构的函
